San Pedro de Atacama fue desde siempre uno de los mas importantes centros de la cultura atacameña. Las tierras fértiles que la rodean estaban repartidas en sectores y eran trabajadas por las mismas familias.
En 1450 fue conquistado por los Incas. Luego, en 1536, se integrarÃa a la historia hispana con el paso de Diego de Almagro por el pueblo.
Los recursos mineros también favorecieron económicamente la economÃa de San Pedro de Atacama, ya que este contribuÃa en la comercialización del mineral.
En 1870, el centro administrativo que aquà se habÃa formado, fue trasladado a Calama.